Cho tới năm 1984, mọi loài khỉ sóc Nam Mỹ nói chung được coi là một phần của loài phổ biến rộng duy nhất và nhiều nhà động vật học coi khỉ sóc Trung Mỹ cũng là thành viên của loài duy nhất này[1][2]. Hai nhóm chính hiện tại được công nhận có thể được tách ra bằng vạch màu trắng phía trên mắt; nó có hình dạng như vòm cung Gothic ("nhọn") ở nhóm S. sciureus, trong khi có hình dạng như vòm cung La Mã ("tròn") trong nhóm S. boliviensis[3].

• Chi Saimiri
  • Nhóm S. sciureus
    • Saimiri oerstedii: Khỉ sóc Trung Mỹ
      • Saimiri oerstedii oerstedii: Khỉ sóc Trung Mỹ đỉnh đầu đen. Vùng duyên hải Thái Bình Dương thuộc miền trung Costa Rica.
      • Saimiri oerstedii citrinellus: Khỉ sóc Trung Mỹ đỉnh đầu xám. Vùng duyên hải Thái Bình Dương thuộc miền tây Panama và miền nam Costa Rica.
    • Saimiri sciureus: Khỉ sóc thông thường
      • Saimiri sciureus sciureus
      • Saimiri sciureus albigena
      • Saimiri sciureus cassiquiarensis: Khỉ sóc Humboldt
      • Saimiri sciureus macrodon: Khỉ sóc Ecuador
    • Saimiri ustus: Khỉ sóc tai trần
  • Nhóm S. boliviensis
    • Saimiri boliviensis: Khỉ sóc chỏm đầu đen
      • Saimiri boliviensis boliviensis: Khỉ sóc Bolivia
      • Saimiri boliviensis peruviensis: Khỉ sóc Peru
    • Saimiri vanzolini: Khỉ sóc đen